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• 理学博士（東京大学）

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Papers

• Crystal structure of guanosine 5'-monophosphate synthetase from the thermophilic bacterium Thermus thermophilus HB8.（2024-10-01） [DOI] [PubMed]
• Crystal structure of adenylosuccinate lyase from the thermophilic bacterium Thermus thermophilus HB8.（2023-11-01） [DOI] [PubMed]
• Convergent evolution of nitrogen-adding enzymes in the purine nucleotide biosynthetic pathway, based on structural analysis of adenylosuccinate synthetase (PurA).（2023-06-10） [DOI] [PubMed]
• Non-coding RNAs and functional RNA elements in Thermus thermophilus.（2023-06-02） [DOI] [PubMed]
• Free-Energy Profile Analysis of the Catalytic Reaction of Glycinamide Ribonucleotide Synthetase（2022-02） [DOI]
• Crystal structure of adenylate kinase from an extremophilic archaeon Aeropyrum pernix with ATP and AMP（2020-05-13）
• Crystal Structure of Flavin Dependent Thymidylate Synthase, Thy1, from Thermus thermophilus having an Extra C Terminal Domain（2019-06）
• RNomics of Thermus thermophilus HB8 by DNA microarray and next-generation sequencing（2017-11）
• Crystal structures of a subunit of the formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase, PurS, from Thermus thermophilus, Sulfolobus tokodaii and Methanocaldococcus jannaschii（2016-08） [DOI] [Web of Scientce]
• Crystal structures and ligand binding of PurM proteins from Thermus thermophilus and Geobacillus kaustophilus（2016-03） [DOI] [Web of Scientce]
• Structures and reaction mechanisms of the two related enzymes, PurN and PurU（2013-12） [DOI] [Web of Scientce]
• Structure of N-formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase II (PurL) from Thermus thermophilus HB8（2012-01） [DOI] [Web of Scientce]
• Dissecting enzyme mechanisms in the purine nucleotides biosynthetic pathway（2011-08）
• Crystal structures of glycinamide ribonucleotide synthetase, PurD, from thermophilic eubacteria（2010-10） [DOI] [Web of Scientce]
• Structures of hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (TTHA0220) from Thermus thermophilus HB8.（2010-07）
• Complete genome sequence of the incompatibility group I1 plasmid R64（2010-06）
• Structural genomics on the purine nucleotides biosynthetic pathway（2008-08-28）
• Hierarchical Alignment of RNA Secondary Structures Including Pseudonots（2004）
• The plasmid F OmpP protease, a homologue of OmpT, as a potential obstacle to E-coli-based protein production（1999-11） [Web of Scientce]
• Organization and diversification of genomes of IncF and IncI plasmids by shuffling of functional modules.（1998-11）
• Construction of a contiguous 874-kb sequence of the Escherichia coli -K12 genome corresponding to 50.0-68.8 min on the linkage map and analysis of its sequence features（1997） [PubMed]
• DNA implementation of simple Horn clause computation（1997） [Web of Scientce]
• A 718-kb DNA sequence of the Escherichia coli K-12 genome corresponding to the 12.7-28.0 min region on the linkage map（1996） [DOI] [PubMed]
• A 570-kb DNA sequence of the escherichia coli K-12 genome corresponding to the 28.0-40.1 min region on the linkage map（1996） [DOI] [PubMed]
• A 460-kb DNA sequence of the escherichia coli K-12 genome corresponding to the 40.1-50.0 min region on the linkage map（1996） [DOI] [PubMed]
• STRUCTURAL COMPARISON OF THE FREE AND DNA-BOUND FORMS OF THE PURINE REPRESSOR DNA-BINDING DOMAIN（1995-11） [Web of Scientce]
• Conformational changes of purine repressor DNA-binding domain upon complexation with DNA（1995）
• ¹⁵N and ¹³C labeling of Escherichia coli tRNAs toward the NMR analysis（1992）
• Regulatory Network Coregulated by PurR/PUR box System（1990-08）
• Identification and Sequence Analysis of Escherichia coli purE and purK Genes Encoding 5'-Phosphoribosyl-5-Amino-4-imidazole Carboxylase for De Novo Purine Biosynthesis（1989-12）
• THE ORGANIZATION OF THE PURL GENE ENCODING 5'-PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDE AMIDOTRANSFERASE OF ESCHERICHIA-COLI（1989-12） [Web of Scientce]
• NUCLEOTIDE-SEQUENCE OF THE ESCHERICHIA-COLI PURF GENE ENCODING AMIDOPHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE FOR DE-NOVO PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS（1988-09） [Web of Scientce]

Misc

Presentations

• 高度好熱菌プリンオペロンに存在するorfの遺伝子破壊と表現型解析（2020-12-02）
• ヌクレオチド合成系の起源と進化（2020-11-12）
• 高度好熱菌ピリミジンヌクレオチド生合成系オペロンの転写開始点解析（2019-12-06）
• 2種類の高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来PRPP synthetaseの酵素活性（2019-12-03）
• NGS解析による高度好熱菌からの新規small non-coding RNAの探索（2018-11-30）
• 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来IMP dehydrogenase (GuaB)の酵素活性特性の評価（2018-11-30）
• 好熱好酸性アーキアSulfolobus tokodaii由来プリンヌクレオチド生合成の酵素FAICAR synthetaseの構造機能解析（2018-11-28）
• 好熱好酸性アーキアSulfolobus tokodaii由来プリンヌクレオチド生合成の酵素FAICAR（2018-11-28）
• Thermus thermophilus 由来チミジル酸合成酵素の立体構造とC末端ドメインの機能の解析（2018-11-28）
• 高度好熱菌ピリミジンヌクレオチド生合成系オペロンの転写開始点解析（2018-11-28）
• 高度好熱菌プリンヌクレオチド生合成系オペロンの転写開始点解析（2018-11-28）
• Gene organizations and their regulation in the nucleotide biosynthetic pathway（2018-09-28）
• 好熱性メタン菌由来purPとpurOによる大腸菌purH遺伝子の相補（2017-12-08）
• 好熱性メタン菌由来purPとpurOによる大腸菌purH遺伝子の相補（2017-12-08）
• DNAマイクロアレイと次世代シーケンサーによるThermus themophilus HB8のRNomics（2017-12-06）
• プリンヌクレオチド生合成系の編成（2017-09-06）
• 高度好熱菌プリンヌクレオチド生合成系オペロンのリプレッサーに関する研究（2017-09-05）
• 高度好熱菌由来プリンヌクレオチド生合成系の初期2段階に関与するPurF・PurDに関する研究（2017-09-05）
• 高度好熱菌由来IMP脱水素酵素（GuaB)の活性測定と結晶化（2017-09-05）
• 高度好熱菌プリンヌクレオチド生合成系におけるオペロンの転写開始点の解析（2017-09-05）
• 高度好熱菌ピリミジンヌクレオチド生合成系におけるオペロンの転写開始点の解析（2017-09-05）
• Organization in the nucleotide synthetic gene（2016-12-02）
• プリンヌクレオチド生合成系における反応の系統的理解（2016-09-26）
• 高度好熱菌由来PRPP合成酵素(TtPrs)の結晶化と活性測定（2016-08-05）
• 高度好熱菌由来PurUの活性測定（2016-08-05）
• 高度好熱菌由来PurK，PurEの立体構造解析および相互作用解析（2016-08-05）
• 高度好熱菌プリンヌクレオチド生合成系オペロンの発現制御に関する研究（2016-08-05）
• 高度好熱菌由来 グルタミンPRPPアミドトランスフェラーゼに関する研究（2016-08-05）
• 高度好熱菌由来PurHの構造解析と機能解析（2016-08-05）
• プリンヌクレオチド生合成系遺伝子群の編成（2015-12-03）
• プリンヌクレオチド合成系の進化（2015-12-03）
• ゲノム，遺伝子編成に関する問題提起（2015-09-10）
• GMP合成に関与するGuaB，GuaAの構造解析および相互作用解析（2015-09-09）
• Origin and evolution of the protein structures in the purine biosynthetic pathway : Reaction mechanism of N⁵-CAIR synthetase (PurK) and evolutionary relationships with related enzymes（2014-10）
• Crystal structures of PurM proteins from thermophiles（2014-10）
• Sulfolobus tokodaii 由来PurQタンパク質の無細胞合成系による調製とグルタミナーゼ活性の確認（2014-10）
• Modular evolution of the enzymes in the purine biosynthetic pathway（2014-09）
• Reaction mechanism of glutamine amidotranferases in the purine biosynthesis（2014-09）
• Interaction analysis between PurF and PurD from Thermus thermophilus HB8（2014-09）
• Molecular evolution of the enzymes in the purine biosynthetic pathway（2013-09）
• Structural and functionalanalyses of formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase（2013-09）
• Molecular evolution of enzymes in the purine biosynthetic pathway（2013-09）
• Origin and evolution of the protein structures in the purine biosynthetic pathway（2013-03）
• Crystal structure of PurU from Thermus thermophilus HB8（2012-09）
• Crystal structure of PurC from Sulfolobus tokodaii（2012-09）
• Origin and evolution of the enzymes in the purine biosynthetic pathway: an analysis in view of protein structures（2012-09）
• Reaction mechanisms of the two related enzymes, PurN and PurU（2012-09）
• Origin and evolution of the protein structures in the purine biosynthetic pathway（2011-11）
• Origin and evolution of the protein structures in the purine biosynthetic pathway（2011-09）
• Dissecting enzyme mechanisms in the purine nucleotides biosynthetic pathway（2011-08）
• Thermus thermophilus HB8プリンヌクレオチド生合成系オペロンの発現機構解析（2011-08）
• Sulfolobus tokodaii由来GMP合成酵素のX線結晶構造解析（2011-08）
• Crystal structure of PurF from Sulfolobus tokodaii（2011-08）
• 立体構造から見たプリンヌクレオチド生合成系タンパク質の起源と進化（2010-12）
• N5-CAIR synthetase (PurK)の基質認識メカニズムの解析（2010-09）
• Thermotoga maritima由来PurKの結晶構造解析（2010-08）
• プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析（2010-08）
• 高度高熱菌における新規低分子RNAの検索（2010-08）
• Geobacillus kaustophilus由来PurHの結晶構造解析（2009-12）
• プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析（2009-08）
• Thermus thermophilus 由来PurLの結晶構造解析（2009-08）
• Geobacillus kaustophilus由来PurHの結晶構造解析（2009-08）
• Sulfolobus tokodaii由来PurSタンパク質の結晶構造解析（2008-12）
• プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析（2008-09）
• Thermus thermophilus HB8由来PurAの結晶構造及び機能解析（2008-09）
• Sulfolobus tokodaii由来PurSタンパク質の結晶構造解析（2008-09）
• Crystal structures of GAR transformylase 1 (PurN) from A. aeolicus, S. toebii and G. kaustophilus（2008-08）
• Crystal structures of GAR synthetase (PurD) from A. aeolicus, G. kaustophilus and T. thermophilus（2008-08）
• Structural genomics on the purine nucleotides biosynthetic pathway（2008-08）
• Crystal structures of N5-CAIR synthetase (PurK) from A. aeolicus, T. thermophilus and S. tokodaii（2008-08）
• Crystal structure of GMP synthetase (GuaA) from T. thermophilus（2008-08）
• Aquifex aeolicus VF5由来PurKタンパク質の結晶構造解析（2007-12）
• Sulfolobus tokodaii由来のdCTP deaminaseの結晶構造解析 ：ピリミジンヌクレオチド合成系のシステム生物学に向けて（2007-12）
• プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析（2007-08）
• Thermus thermophilus HB8のシステム生物学に向けて：Thermus thermophilus HB8由来GuaB,GuaA,PurAおよびPurBの結晶構造と機能（2007-08）
• Geobacillus kaustophilus 由来PurDタンパク質の結晶構造解析（2007-08）
• Thermus thermophilus HB8における遺伝子間領域の発現解析（2006-08）
• Geobacillus kaustophilus 由来PurDタンパク質の結晶構造解析（2006-08）
• Aquifex aeolicus 由来PurKタンパク質の結晶構造解析（2006-08）
• Thermus thermophilus HB8由来PurKタンパク質の結晶構造解析（2006-08）
• プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析（2006-08）
• プラスミドゲノムの編成と多様性に関する研究：IncMプラスミドpIP135のゲノム解析（2005-12）
• 高度好熱菌Thermus thermophilus トリプトファン生合成系オペロンの発現解析（2005-12）
• Thermus thermophilus HB8由来GAR synthetaseの結晶構造（2005-12）
• DNAマイクロアレイによる高度好熱菌ゲノムの遺伝子間領域の発現解析（2005-12）
• Thermus thermophilus HB8由来PurDタンパク質の結晶構造解析（2005-08）
• Thermus thermophilus HB8プリンヌクレオチド生合成系蛋白質PurS(TTHA1516)の結晶構造解析（2005-08）
• DNAマイクロアレイによる遺伝子間領域の発現解析（2005-08）
• プラスミドゲノムの編成と多様性に関する研究:IncFVプラスミドF₀lacのゲノム解析（2004-12）
• 高度好熱菌PurDタンパク質の結晶構造解析（2004-11）
• 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来GMP synthetaseの結晶構造（2004-07）
• Efficient Alignment Method for RNA Secondary Structures Including Pseudoknots（2004）
• 高度好熱菌グアニレートキナーゼの結晶構造解析（2003-12）
• 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来GMP synthetaseの結晶構造（2003-12）
• Organization of the genes of purine nucleotide biosynthetic pathway -Approach from 3D structure of gene products-（2003-08）
• プラスミドの編成と多様性に関する研究：IncFIIIプラスミドColB-K98のゲノム解析（2002-12）
• 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8のプリンヌクレオチド生合成系タンパク質の立体構造解析（2002-07）
• トレオニン、メチオニン生合成系遺伝子群の編成（2001-12）
• 高度好熱菌プリン合成系タンパク質の結晶化（2001-10）
• 高度高熱菌guanylate kinaseの結晶化（2000-10）
• プリンヌクレオチド生合成系遺伝子群の編成（1999-12）
• 機能モジュールの「組み合わせ」によるゲノム多様性の分子機構（1999-12）
• 遺伝子の「組み合わせ」によるゲノム多様性の獲得（1998-12）
• IncI1プラスミドR64の全ゲノム解析（1998-12）
• プラスミドゲノムの編成と多様性に関する研究：IncF２プラスミドR100の全ゲノム解析（1998-12）
• プラスミドゲノムの編成と多様性に関する研究：Fプラスミドの全ゲノム解析（1998-12）
• ゲノムの編成と多様化（1998-09）
• 乳酸菌プラスミドpLY101の全塩基配列（1998-07）
• Lactobacillus casei シロタ株の染色体上に存在するラクトースオペロンの構造（1998-07）
• プリンリプレッサーDNA結合ドメインの構造変化（1997-09）
• Organization and diversification of the genome of plasmid ColIb-P9（1996-10）
• PurRタンパク質DNA結合領域の2D-プロトンNMRによる構造解析（1991-09）

Books and Other Publications

• 構造生物学 -ポストゲノム時代のタンパク質研究-（2007-04）
• 基礎生化学実験（1994-11）

Works

Research Projects

Media Coverage

Industrial Property Rights

• 新規プラスミド及び当該プラスミドを含むシャトルベクター（特開2004-141065）

Professional Memberships

• 総合コミュニケーション研究会
• モデル生物丸ごと一匹学会
• 日本結晶学会
• 日本生化学会
• 日本分子生物学会

Committee Memberships

Teaching Experience

• K課程輪講
• K課程輪講
• 化学生命工学実験第二
• 化学生命工学実験第一
• Instrumental Analysis
• 機器分析学
• General Biochemistry
• 生物化学
• Molecular Biology
• 分子生物学
• Selected Topics in Genome Biology
• ゲノム生物学特論
• Systems Biology
• システム生物学
• Bioscience and Technology Laboratory ⅠI
• 生体機能システム実験第二
• Bioscience and Technology Laboratory Ⅰ
• 生体機能システム実験第一
• Biochemistry and Engineering
• 生体機能分子工学

Social Contribution

Academic Contribution